Après avoir travaillé à Madrid avec la chorégraphe espagnole Carmen Werner (Provisional Danza), Rafael Pardillo part en France, pour suivre la formation du C.N.D.C l’Esquisse d’Angers, de 1992 à 1994. Il découvre entre autres le travail de Block & Steel, Bernardo Montet, Dominique Bagouet, Simon McBurney.
Dès 1992, parallèlement à ses études, il commence à travailler avec la compagnie L’Esquisse Bouvier-Obadia, et jusqu’en 1998 il participera à toutes les créations du tandem Bouvier/ Obadia.
En 1999, il choisit de poursuivre sa collaboration avec Joëlle Bouvier jusqu’en 2019. Il travaille comme assistant auprès de la chorégraphe dans diverses productions en France et à l’étranger. Parallèlement, il crée trois pièces en collaboration avec Emilio Urbina, au sein de leur compagnie Nod Dance Company.
En 2005, il rejoint l’équipe de Catherine Diverres jusqu’à la dissolution de la compagnie en 2023.
À partir de 2007, il part en Angleterre pour rejoindre la compagnie DV8 Physical Theatre et participer à la création et aux tournée du spectacle « To be straight with you »jusqu’en décembre 2009.
En 2011 il est invité à faire partie du collectif The Plant Collective pour créer  » DoubleTake « .
En 2012 il rencontre la compagnie d’Olivier Dubois et participera à la pièce « Tragedie ».
En 2017 il se rend en Grèce pour travailler avec Ermira Goro et Hannes Langolf sur le projet « Dandelion ».
En 2020 il co-écrit un duo «Intimiteiten» dansé et interprété par la danseuse et chorégraphe Capucine Goust.
En 2021 – 2022 il crée son premier solo « APRES HIER ».
En 2024 il participe à l’Opéra d’Armide, mis en scène par Lilo Baur et dirigé par Christophe Rousset à l’Opéra Comique. Actuellement, il prépare un nouveau duo «Silencio» avec Capucine Goust. Pédagogue, il enseigne depuis 2009 dans le cadre de stages, workshops et masterclass. Il intervient également dans des écoles de théâtre, comme La Salle Blanche et L’école du jeu à Paris.