Après avoir travaillé pendant trois ans avec la chorégraphe espagnole Carmen Werner, Rafael Pardillo s’installe en France pour suivre la formation du Centre national de danse contemporaine, à Angers. Dès la première année de formation, il commence à travailler avec la compagnie L’Esquisse / Bouvier-Obadia. Il participe à toutes les créations de la compagnie jusqu’en 1998 et poursuit sa collaboration avec Joëlle Bouvier dont il est régulièrement l’assistant. Depuis 1998, il a également créé plusieurs pièces en collaboration avec Emilio Urbina, au sein de leur compagnie Nod Dance Company. Il rejoint l’équipe de Catherine Diverrès en 2005, avec qui il travaille jusqu’à présent. À partir de 2007, il part en Angleterre pour participer à la création de To be straight with you, auprès de la compagnie DV8 Physical Theatre, et tourne avec le spectacle jusqu’en décembre 2009. En 2011, il est invité à faire partie du collectif The Plant Collective pour créer Double Take. En 2012 il collabore avec la compagnie d’Olivier Dubois et participe de la pièce Tragédie.